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Conseil d'Administration
Le Conseil d'Administration est constitué de seize membres désignés par les Gouvernements régionaux et par l'Autorité fédérale qui sont issus paritairement des secteurs privé et public.
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Comité d'accompagnement
Le Comité d'Accompagnement est en charge de l'exécution des décisions prises par le Conseil d'Administration.
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Gestion journalière
La conduite journalière de l'Agence pour le Commerce extérieur est assurée par un Directeur général.
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Conseil de Direction
Actuellement, le Conseil de Direction se compose de deux directeurs.